Μετά το απαγορευτικό απόπλου λόγω των θυελλωδών ανέμων, υπήρξαν και μικροπροβλήματα στις πτήσεις των αεροσκαφών με προορισμό ή αφετηρία την Κρήτη.
To πρωί της Τρίτης μάλιστα ακυρώθηκε μια πτήση από Θεσσαλονίκη προς το αεροδρόμιο «Νίκος Καζαντζάκης» Ηρακλείου.
Σύμφωνα με το υπεύθυνο του γραφείου τύπου της Fraport Greece κ. Παπάζογλου την «Τρίτη δεν υπήρξαν προβλήματα στο αεροδρόμιο Χανίων. Ωστόσο ανήμερα των Θεοφανίων δύο πτήσεις από Χανιά – Αθήνα και από Αθήνα- Χανιά δεν πραγματοποιήθηκαν».
