Η κλήρωση για τους αγώνες της 3ης φάσης του Κυπέλλου Ελλάδας θα διεξαχθεί την Παρασκευή, 7 Σεπτεμβρίου και ώρα 11:00 στα γραφεία της ΕΠΟ, στο Πάρκο Γουδή. Οι αγώνες της τρίτης φάσης θα διεξαχθούν στις 16 Σεπτεμβρίου, με ώρα έναρξης 17:00
Θα συμμετέχουν οι δέκα έξι (16) Ομάδες που προκρίθηκαν από τη 2η Φάση και μαζί με τις δέκα έξι (16) Ομάδες της Football League θα δημιουργήσουν δέκα έξι (16) ζευγάρια, από τα οποία μετά από μονούς αγώνες αποκλεισμού θα προκύψουν δέκα έξι (16) Ομάδες, οι οποίες θα προκριθούν στην Φάση των τριάντα δύο (32), (Φάση των Ομίλων).
Στη διαδικασία της κλήρωσης, σύμφωνα με το sdna.gr, στη πρώτη κληρωτίδα θα τοποθετηθούν οι Ομάδες της Football League και στη δεύτερη κληρωτίδα οι Κυπελλούχες/Φιναλίστ Ομάδες των Ε.Π.Σ. Η κλήρωση των ζευγαριών θα ξεκινά από τη δεύτερη κληρωτίδα ώστε Γηπεδούχος Ομάδα θα είναι υποχρεωτικά Κυπελλούχος/Φιναλίστ Ε.Π.Σ.
Στην εν λόγω φάση εάν το αποτέλεσμα του αγώνα δεν αναδεικνύει νικητή, τότε εφαρμόζονται οι διατάξεις του άρθρου 20 παρ. 12 του Κ.Α.Π.
