Αλλάζουν σε μεγάλο βαθμό τα ενωσιακά πρωταθλήματα όπως τα γνωρίζαμε τα προηγούμενα χρόνια, σύμφωνα με την προκήρυξη που έδωσε στην δημοσιότητα η ΕΠΟ. Η μεγαλύτερη αλλαγή όπως άλλωστε έχουν ενημερωθεί οι Ενώσεις είναι η κατάργηση των Μικτών Νέων Κ16 και γι’ αυτό άλλωστε συγκροτούνται πλέον Μικτές Κ14 (γεν. 2006-07) και Κ12 (γεν. 2008-09), με την επισήμανση ότι οι αγώνες για τις Μικτές Κ12 θα είναι 9Χ9 σε γήπεδα μικρότερων διαστάσεων.
Οι αγώνες θα ξεκινήσουν το Σάββατο 7 Δεκεμβρίου και θα γίνονται τα Σάββατα και όχι Τετάρτες, όπως ίσχυε εδώ και πολλά χρόνια, με την αλλαγή αυτή να έχει να κάνει κυρίως με τις μαθητικές υποχρεώσεις των ποδοσφαιριστών.
Όσον αφορά τον τρόπο διεξαγωγής του πρωταθλήματος, οι Ενώσεις χωρίζονται σε οκτώ ομίλους με τις τέσσερις ΕΠΣ της Κρήτης (Ηράκλειο, Ρέθυμνο, Λασίθι, Χανιά) να συγκροτούν τον 8ο Όμιλο και να αγωνίζονται στην πρώτη φάση σε διπλά παιχνίδια (εντός-εκτός) ενώ στην 2η φάση προκρίνονται οι δύο πρώτοι του Ομίλου. Ο πρώτος από το 8ο Όμιλο θα παίξει σε μονό παιχνίδι εντός έδρας με τον δεύτερο του 7ου Ομίλου των νησιών (Δωδεκάνησα, Χίος, Σάμος, Λέσβος, Κυκλάδες) ενώ ο δεύτερος θα παίξει εκτός με τον πρώτο του 7ου Ομίλου. Στην 3η φάση οι δύο νικητές από αυτά τα ζευγάρια θα παίξουν μεταξύ τους και ο νικητής θα προκριθεί στην ημιτελική φάση.
Στο πρωτάθλημα Κ-12 η διάρκεια θα είναι 60 λεπτά (30’ το κάθε ημίχρονο) και στο Κ-14, 70 λεπτά (35΄ το κάθε ημίχρονο).
Στο πρωτάθλημα Κ-12 δεν έχουν δικαίωμα συμμετοχής ποδοσφαιριστές που ανήκουν σε οποιαδήποτε ΠΑΕ. Δικαίωμα συμμετοχής έχουν έως τέσσερις (4) συνολικά ποδοσφαιριστές που αγωνίζονται στα ερασιτεχνικά ιδρυτικά σωματεία των Π.Α.Ε.
Για το πρωτάθλημα Κ-14, δικαίωμα συμμετοχής έχουν οι ποδοσφαιριστές, που ανήκουν είτε στα τμήματα υποδομών των ερασιτεχνικών ιδρυτικών σωματείων των Π.Α.Ε., είτε στα τμήματα υποδομών των Π.Α.Ε. με την προϋπόθεση ότι δεν θα έχουν αγωνιστική συμμετοχή ούτε ενός λεπτού στα πρωταθλήματά τους (Super League 1, Super League 2 και Football League). Σε κάθε περίπτωση ο ανώτατος επιτρεπόμενος αριθμός ποδ/στών που δύνανται να χρησιμοποιηθούν είναι έως τέσσερις (4) από όλες τις ανωτέρω περιπτώσεις και συνολικά από όλες τις Ομάδες που ανήκουν στα όρια ευθύνης της κάθε Ε.Π.Σ.,
