Η αναποφασιστικότητα των ανθρώπων του «Ηράκλειο» για το ποια κατηγορία θα πάρει τελικά μέρος έφερε αναστάτωση στην Ελληνική Ομοσπονδία.
Μετά την έγγραφη ανακοίνωση των «κυανόλευκων» ότι δε θα κατέβουν στη Β' Εθνική, η ΕΟΚ είχε ειδοποιήσει τον Ιωνικό Ν.Φ. ότι θα πάρει τη θέση του στον όμιλο νότου ως ο πρώτος επιλαχόν.
Στο «Ηράκλειο», όμως, άλλαξαν γνώμη, δήλωσαν έγκαιρα συμμετοχή και η ΕΟΚ βρέθηκε εκτεθειμένη. Προκειμένου να αποφύγει, λοιπόν, τα χειρότερα αποφάσισε να αυξήσει σε 13 τις ομάδες του νότιου ομίλου της Β' Εθνικής με τον Ιωνικό να αποτελεί τη 13η ομάδα.
Η σχετική ανακοίνωση της Ελληνικής Ομοσπονδίας αναφέρει:
«Το Δ. Σ. της Ε.Ο.Κ. αποφάσισε τροποποιώντας την σχετική ρύθμιση της Ειδικής Προκήρυξης Πρωταθλήματος όπως κατά την αγωνιστική περίοδο 2012 - 2013 οι ομάδες της Β' Εθνικής Κατηγορίας Ανδρών σε κάθε όμιλο θα είναι 13 αντί των αρχικά προβλεπομένων 12.
Η τροποποιητική αυτή απόφαση της Ομοσπονδίας κατέστη επιβεβλημένη για τους παρακάτω λόγους:
Το Σωματείο ΗΡΑΚΛΕΙΟ ΟΑΑ είχε γνωστοποιήσει εγγράφως στην Ομοσπονδία την θέση του να μην συμμετάσχει στο Πρωτάθλημα της Β' Εθνικής Κατηγορίας Ανδρών. Με βάση αυτή την έγγραφη γνωστοποίηση του Δ.Σ. της Ε.Ο.Κ. και για λόγους που αφορούν την έγκαιρη κατάρτιση των Σωματείων της Κατηγορίας αλλά και την απρόσκοπτη προετοιμασία της επιλαχούσης ομάδας, αποφάσισε ότι στην θέση της ομάδας του Ηρακλείου θα ανέλθει στην Κατηγορία το Σωματείο ΙΩΝΙΚΟΣ ΑΣ Ν.Φ. που ήταν πρώτη επιλαχούσα στον Όμιλο Νότου της Γ' Εθνικής κατηγορίας. Την θέση του Σωματείου ΙΩΝΙΚΟΣ ΑΣ Ν.Φ. στην Γ' Εθνική κατηγορία καταλαμβάνει το Σωματείο ΑΟ ΓΑΛΑΤΣΙΟΥ.
Το Σωματείο όμως ΗΡΑΚΛΕΙΟ ΟΑΑ και πριν εκπνεύσει η προθεσμία δήλωσης συμμετοχής των ομάδων στο Πρωτάθλημα ανακάλεσε την απόφαση μη συμμετοχής του, δηλώνοντας εμπρόθεσμα συμμετοχή στο Πρωτάθλημα της Β' Εθνικής Κατηγορίας Ανδρών.
Η Ε.Ο.Κ. μετά την εμπρόθεσμη αυτή δήλωση της ομάδας της Ελληνικής Περιφέρειας αποδέχθηκε ως είχε υποχρέωση την δήλωση συμμετοχής της στο Πρωτάθλημα.
Μετά όμως την εξέλιξη αυτή ήταν φυσικό να δημιουργηθεί ένα ιδιαίτερα αρνητικό αποτέλεσμα για την ομάδα του ΙΩΝΙΚΟΥ ΑΣ Ν.Φ. χωρίς να έχει την οιαδήποτε υπαιτιότητα έχοντας ξεκινήσει όλες εκείνες τις διαδικασίες προετοιμασίας της για την συμμετοχή της στο Πρωτάθλημα της Β' Εθνικής Κατηγορίας.
Η Ε.Ο.Κ. για να αποτρέψει αυτό το αρνητικό αποτέλεσμα που κάθε άλλο παρά μπορεί να θεωρηθεί ότι συμβάλλει στην ομαλή διεξαγωγή των αγωνιστικών θεσμών και λαμβάνοντας υπόψη ότι παράλληλα στο Βόρειο όμιλο του Πρωταθλήματος ο αριθμός των ομάδων θα ήταν μικρότερος από αυτών του Ομίλου Νότου, αρνητικό και αυτό στοιχείο που έπρεπε να αντιμετωπισθεί, αποφάσισε να είναι οι ομάδες της Β' εθνικής κατηγορίας 26 συνολικά αντί των αρχικά προβλεπομένων και αυτό μόνο για την αγωνιστική περίοδο 2012 - 2013.
Ως εκ τούτου ανέρχεται στον Όμιλο του Βορρά της Β' Εθνικής Κατηγορίας και το Σωματείο ΣΑΑΚ ΑΝΑΤΟΛΙΑ και την θέση τους στην Γ' Εθνική καταλαμβάνει το Σωματείο ΜΑΚΕΔΟΝΙΚΟΣ ΑΠΣ.
Από την νέα αυτή ρύθμιση αντιμετωπίζονται θετικά τα προβλήματα που δημιουργήθηκαν, διευκολύνεται η ομαλή διεξαγωγή του Πρωταθλήματος χωρίς να πλήττονται τα δικαιώματα άλλων ομάδων».
