Η διαδικασία εκκαθάρισης της ΠΑΕ Ηρακλής ξεκινάει μετά τη διάλυση της. Όλα τα χρέη αναμένεται να πάνε πάνω στον Σπύρο Παπαθανασάκη.
Ακόμα δεν έχει ξεκαθαρίσει το που θα παίξει η ομάδα ωστόσο η ΠΑΕ μπαίνει σε διαδικασία εκκαθάρισης με τον Παπαθανασάκη να πρέπει να αποχωρήσει μέσα σε έξι μήνες.
Εφόσον αυτό δεν γίνει, το Ιδρυτικό Σωματείο θα έχει κάθε έννομο συμφέρον να κινήσει την εν λόγω διαδικασία και έτσι θα είναι ακόμη πιο δύσκολη η κατάσταση για τον ομογενή επιχειρηματία.