Σε πλήρη εξέλιξη βρίσκεται το Πρόγραμμα καταπολέμησης κουνουπιών και προνυμφών των κουνουπιών σε όλη την Περιφέρεια Κρήτης. Το πρόγραμμα περιλαμβάνει τόσο επίγειους, όσο και από αέρος, σε δύσβατες περιοχές, ψεκασμούς σε όλη την Κρήτη, με στόχο την καταπολέμηση των κοινών και ανωφελών κουνουπιών αφενός στο υδρόβιο στάδιο (αυγό– προνύμφη–νύμφη), αφετέρου στο «τέλειο» έντομο. 
Η Περιφέρεια Κρήτης τα τελευταία χρόνια αξιοποιεί στο έπακρο τις σύγχρονες τεχνολογίες με στόχο την καταπολέμηση των Κουνουπιών ενώ παράλληλα σε συνεργασία με το Ίδρυμα Τεχνολογίας και Έρευνας (ΙΤΕ) προχωρεί σε εξειδικευμένους ελέγχους, με γνώμονα την προστασία των πολιτών από ασθένειες και την αποτελεσματική χρήση των εντομοκτόνων.
Στα πλαίσια αυτά βρίσκεται σε εξέλιξη νέο έργο «Ολοκληρωμένης Καταπολέμησης Κουνουπιών της Περιφέρειας Κρήτης για τα έτη 2020-2022».
Σύμφωνα με αυτό, οι ψεκασμοί γίνονται συντονισμένα με εβδομαδιαίο πρόγραμμα, το οποίο θα αναρτάται στην ιστοσελίδα της Περιφέρειας Κρήτης για την ενημέρωση των δημοσίων φορέων και των πολιτών.
Σύμφωνα με τον Αντιπεριφερειάρχη Δημόσιας Υγείας και Κοινωνικής Πολιτικής Δρ. Λάμπρο Βαμβακά το έργο βρίσκεται σε πλήρη εξέλιξη. Επίσης, τις επόμενες μέρες θα γίνουν ψεκασμοί με drones από αέρος και σε δύσβατες περιοχές που δεν μπορούν να ψεκάσουν τα συνεργεία, σε όλη την Περιφέρεια Κρήτης.
Τέλος, σε συνεργασία με το ίδρυμα Τεχνολογίας και Έρευνας και το Ινστιτούτο Μοριακής Βιολογίας και Βιοτεχνολογίας πρόκειται να υλοποιηθεί το τριετές Πρόγραμμα Εντομολογικής Επιτήρησης. Στα πλαίσια του Προγράμματος προβλέπεται Παρακολούθηση και μοριακή ταυτοποίηση κουνουπιών και εντομομεταδιδόμενων ασθενειών που τυχόν μεταφέρουν. Έλεγχος ανθεκτικότητας επικινδυνότητας ανάπτυξης ανθεκτικότητας στα εντομοκτόνα. Ανάπτυξη Βάσης Δεδομένων για την πληθυσμιακή καταγραφή και επιτήρηση κουνουπιών – εντόμων υγειονομικής σημασίας. Καθώς και συστηματική παρακολούθηση της δυνητικής κυκλοφορίας του ιού του Δυτικού Νείλου σε όρνιθες.
