Πνιγμένη αριστερά και δεξιά από τη βλάστηση, η μονή είναι καλά κρυμμένη στη μια πλευρά του φαραγγιού της Σπηλιώτισσας. Μια μαγεία που ενισχύει την ιερότητα του χώρου, κατακλύζοντας την καρδιά του κάθε επισκέπτη με συναισθήματα ηρεμίας και γαλήνης.
Εκεί, συναντήσαμε την αδερφή Φιλοθέη, η οποία μας ξενάγησε στο χώρο της μονής και με καρτερική ευλάβεια, μας ταξίδεψε στην ιστορία της.
Η ιστορία και η πνευματική διαδρομή του μοναστηριού ξεκινάει με τη θαυματουργική εύρεση της εικόνας της Παναγιάς της Οδηγήτριας, μέσα στο σπήλαιο που σήμερα έχει χτιστεί η εκκλησία της μονής, γύρω στα τέλη του 16ου αιώνα, από δύο βοσκούς που φύλαγαν τα πρόβατά τους. Από το γεγονός αυτό άντλησε το όνομά της η μονή.
Επί Ενετοκρατίας, το μοναστήρι ήταν ένα σημαντικό λατρευτικό κέντρο στην περιοχή. Ενετικά έγγραφα, μάλιστα, που έχουν διασωθεί, αναφέρουν ότι οι Ενετοί, το 1599, είχαν διορίσει εφημέριο μια μεγάλη προσωπικότητα της εποχής, τον λόγιο, συγγραφέα και πρώτο διευθυντή της Σιναϊτικής σχολής της Αγίας Αικατερίνης στον Χάνδακα, τον Ιωάννη Μορεζήνο.
Την εποχή της Τουρκοκρατίας, όταν οι Τούρκοι είχαν κατακλύσει την Κρήτη, υπό το φόβο εισβολής και καταστροφής, έσπευσαν να το δωρίσουν στην Ιερά Μονή και Αρχιεπισκοπή του Θεοβάδιστου όρους Σινά. Έκτοτε, η μονή αποτελεί μετόχι της.
Μέσα στους αιώνες, το μοναστήρι ολοκληρώνεται παίρνοντας την τελική του μορφή, διαμορφώνοντας το σε 3 επίπεδα. Η τελευταία ανακαίνιση πραγματοποιείται το 1866, από τον πατέρα Πολύκαρπο. Χρονολογία σταθμός, αφού λειτουργεί και το πρώτο σχολείο εντός της μονής.
Μέχρι και το 1984, στη μονή διέμενε μόνο ένας Σιναϊτης οικονόμος, ο οποίος εναλλασσόταν κάθε 6 χρόνια. Για το λόγο αυτό, το ενδιαφέρον του εστιαζόταν στις αγροτικές δραστηριότητες γύρω από το μοναστήρι. Τα τελευταία 37 χρόνια, λειτουργεί ως γυναικεία μονή και αποτελεί ένα από τα μικρότερα ενεργά μοναστήρια της Κρήτης.
Σήμερα, είναι επισκέψιμο τις Κυριακές, καθώς και την περίοδο του 15 Αύγουστου, όπου το μοναστήρι γιορτάζει και παραμένει ανοιχτό για το θρησκευτικό προσκύνημα.
Στο μοναστήρι της Παναγίας της Σπηλιώτισσας, το τοπίο της απαράμιλλης ομορφιάς, η εκκλησία εντός του σπηλαίου, οι περίτεχνες αγιογραφίες, καθώς και η ιερότητα του χώρου μυούν τους επισκέπτες σε αισθήματα κατάνυξης, συγκίνησης και ψυχικής γαλήνης.
