Στο εκπαιδευτικό πρόγραμμα Comenius συμμετέχει το γυμνάσιο Νέας Αλικαρνασσού, για τις σχολικές χρονιές 2012-13 και 2013-14.
Το πρόγραμμα έχει τον τίτλο « ΕΥΡΩΠΑΪΚΟ ΜΟΥΣΕΙΟ ΦΡΟΥΤΩΝ» και αφορά στη συμβολή των φρούτων στην καλή διατροφή και στην καταπολέμηση της παχυσαρκίας. Οι συμμετέχουσες χώρες, εκτός της Ελλάδας, είναι η Τουρκία, η Βουλγαρία, η Ρουμανία, η Πολωνία και η Βόρεια Ιρλανδία.
Στα πλαίσια του παραπάνω προγράμματος πραγματοποιείται επίσκεψη των συνεργαζόμενων χωρών από τις 26 Φεβρουαρίου έως τις 3 Μαρτίου του 2013. Οι αποστολές περιλαμβάνουν συνολικά από 20 καθηγητές και 20 μαθητές οι οποίοι θα πραγματοποιήσουν, σε συνεργασία με καθηγητές και μαθητές από το Γυμνάσιο Νέας Αλικαρνασσού, κοινές δράσεις, εργασίες και επισκέψεις σχετικές με το αντικείμενο του προγράμματος. Ενδεικτικά, το πρόγραμμα περιλαμβάνει ξεναγήσεις στο αγρόκτημα της Σχολής Τεχνολογίας Γεωπονίας του ΤΕΙ Κρήτης, στο «Ινστιτούτο ελαίας και υποτροπικών φυτών» στα Χανιά, σε οινοποιείο στο Σκαλάνι, στην παραδοσιακή πόλη των Αρχανών κ.ά.
Το πρόγραμμα χρηματοδοτείται από την Ευρωπαϊκή Ένωση και αποτελεί μέρος της δράσης για την δια βίου μάθηση στην Ε.Ε. την περίοδο 2007 - 2013.
