Κανονικά δήλωσαν συμμετοχή και οι 18 ομάδες που μετέχουν στο νέο πρωτάθλημα της Football League.
Δεν υπήρξαν απώλειες στη φετινή Football League, όπως συμβαίνει κάθε χρόνο τέτοια εποχή κι έτσι ο ΟΦΗ, ο Κισσαμικός και τα Χανιά ξέρουν πλέον τους αντιπάλους τους ενόψει της νέας σεζόν. Μάλιστα η κλήρωση ορίστηκε για τις 6 Σεπρεμβρίου.
Πέραν των κρητικών ομάδων συμμετοχή δήλωσαν και οι Αγροτικός Αστέρας, Αιγινιακός, Αναγέννηση Καρδίτσας, Απόλλων Σμύρνης, Άρης, Αχαρναϊκός, Πανελευσινιακός, Καλλιθέα, Καλλονή, Λαμία, Παναιγιάλειος, Πανθρακικός, Πανσερραϊκός, Σπάρτη και Τρίκαλα.
Αναλυτικά η ανακοίνωση της διοργανώτριας αρχής
«Ολοκληρώθηκε σήμερα 11-08-2016 η διαδικασία υποβολής των δηλώσεων συμμετοχής στο Πρωτάθλημα της Football League 2016-2017. Και οι 18 ΠΑΕ υπέβαλλαν όλα τα απαιτούμενα έγγραφα καθώς και το χρηματικό παράβολο συμμετοχής στο Πρωτάθλημα. Η διοίκηση της Football League εύχεται καλή αγωνιστική χρονιά σε όλους και δίνει ραντεβού στις 6 Σεπτεμβρίου για την προγραμματισμένη κλήρωση του Πρωταθλήματος».