Σε απόφαση που εξέδωσε ο γενικός γραμματέας Εσόδων Χάρης Θεοχάρης, ορίζονται τα κριτήρια επιλογής των προς έλεγχο φορολογικών υποθέσεων των οποίων επίκειται ο χρόνος παραγραφής. Η επιλογή των υποθέσεων που θα ελεγχθούν κατά προτεραιότητα, όπως διευκρινίζεται στην απόφαση, θα γίνει με βάση τα κριτήρια ανάλυσης κινδύνου, τα οποία έχουν προσδιορισθεί με παλαιότερες αποφάσεις του υπουργείου Οικονομικών. Αυτά αφορούν μεταξύ άλλων το είδος της επιχείρησης, το ύψος των ακαθάριστων εσόδων, την περιοχή που δραστηριοποιείται, τη φορολογική συμπεριφορά της κ.ά.
Όπως σημειώνεται στην απόφαση θα επιλεγεί και ένα επιπλέον δείγμα που θα αντιστοιχεί στο 20% των υποθέσεων από τον προϊστάμενο της κάθε ελεγκτικής υπηρεσίας, με βάση επιβαρυντικά στοιχεία για την επιχείρηση. Ο αριθμός των υποθέσεων που θα σταλεί σε κάθε Ελεγκτική Υπηρεσία συμπεριλαμβανομένων και των ΔΕΚ Αθηνών και Θεσσαλονίκης, θα είναι ανάλογος με τον αριθμό των πραγματικά υπηρετούντων ελεγκτών. Προβλέπονται συγκεκριμένα πέντε υποθέσεις ανά ελεγκτή. Επιπλέον μία υπόθεση σε κάθε ελεγκτή θα αναθέσει ο προϊστάμενος της υπηρεσίας.
Για τις παραγραφόμενες υποθέσεις που έχουν εκδοθεί εντολές ελέγχου και ήδη έχει γίνει έναρξη του ελέγχου, ο έλεγχος αυτός θα ολοκληρωθεί υποχρεωτικά. Επίσης, από το Κέντρο Ελέγχου Φορολογούμενων Μεγάλου Πλούτου θα ελεγχθούν όλες οι υποθέσεις των ειδικών συνεργείων που ανατέθηκαν με αποφάσεις του υφυπουργού Οικονομικών στο ΔΕΚ Αθηνών. Επιπλέον, σε κάθε ελεγκτή του Κέντρου Ελέγχου Φορολογουμένων Μεγάλου Πλούτου θα ανατεθούν προς έλεγχο τρεις υποθέσεις Φυσικών Προσώπων οι οποίες επιλέγονται με κριτήρια ανάλυσης κινδύνου.
Υποχρεωτικά, τέλος, θα διενεργηθεί ο έλεγχος σε επιχειρήσεις για τα οικονομικά έτη 2004 και 2005, για την ανάκτηση κρατικών ενισχύσεων και σε επιχειρήσεις στις οποίες έχει γίνει ολική ανάκτηση των ενισχύσεων θα διενεργηθεί επανυπολογισμός των τόκων.
